סילבוס

תוכן הקורס ומטרתו

נושא: הקורס מספק היכרות עם כלים ותוכנות בהם נעשה שימוש במסגרת ניתוח נתונים ביואינפורמטי. הקורס מכוון לספק לסטודנטים לתארים מתקדמים ידע ופרקטיקה בסיסיים בשימוש בכלים חישוביים היכולים לשרת אותם במהלך ניתוח נתונים במסגרת המחקר. הקורס מועבר בשפה האנגלית. הקורס מכסה את הנושים הבאים:
1. בסיסי נתונים, בדגש על בסיסי נתונים גנומיים.
2. אלגוריתם BLAST ועימוד זוגות רצפים.
3. עימוד מרובה רצפים.
4. שגיאות עימוד והערכת איכות עימוד באמצעות GUIDANCE.
5. פילוגנזה.
6. קצבים אבולוציוניים.
7. דפדפנים גנומיים.
8. בסיסי נותנים למבני חלבונים ותוכנות לויזואליזציית מבני חלבונים.
9. עימוד מבני חלבונים וניתוח העשרה לפונקציות ומסלולים ביולוגיים.
10. זיהוי מוטיפים.
11. כלים בסיסיים בניתוח נתונים.
12. שיקולים חישוביים בהכנת ניסוי NGS.

דרישות קדם: הקורס מצריך ידע בסיסי בביולוגיה (בדגש על ביולוגיה מולקולארית, אבולוציה וגנטיקה). קורס "Introduction to bioinformatics" מקנה יתרון.

ציון: 20% מטלות בית, 80% פרויקט גמר.
מטלות כיתה ניתנות על בסיס שבועי במסגרת שעת תרגול אינטראקטיבי. בנוסף, 3-4 מטלות בית יינתנו במהלך הסמסטר. ההגשה של השניים היא מנדטורית אך רק ציוני מטלות הבית ייכללו בציון הסופי. פרויקט הגמר מצריך אנליזת נתוני מלאה, ולכן יכסה את כל נושאי הקורס.